Eestis alustati COVID-19 haiguse vastase vaktsineerimisega 27. detsembril 2020. a, kasutades Comirnaty vaktsiini (Pfizer/BioNTech; seisuga 26. jaanuar 2021. a on Eestisse tarnitud 49 140 doosi). Moderna COVID-19 vaktsiini on Eestisse 26. jaanuari 2021. a seisuga tarnitud 1200 doosi. Mõlemad nimetatud vaktsiinid on mRNA vaktsiinid ja nende toimemehhanism on sarnane. Teised vaktsiinid ei ole 26. jaanuari 2021. a seisuga Euroopa Liidus müügiluba saanud. 26. jaanuari 2021. a seisuga on Eestis 27 180 isikut, kes on saanud vähemalt ühe vaktsiinidoosi, vaktsineerimiskuur on lõpetatud neist 3078 isikul. Eesti Infektsioonhaiguste Selts ja Vabariigi Valitsust nõustav teadusnõukoda soovitavad loobuda karantiininõudest inimestel, kelle vaktsineerimiskuur on lõpetatud. Soovitus põhineb järgmistel teadmistel. Praegu on andmeid ainult Pfizer/BioNTech ja Moderna vaktsiinide kohta, mis on Euroopa Liidus müügiloa saanud. Nii Pfizer/BioNTech (Comirnaty) kui ka Moderna (Moderna COVID-19 vaktsiin) vaktsiinide efektiivsus on kõrge ning vaktsineerimine hoiab ära suure enamuse sümptomaatilistest haigestumistest. Infot, kas vaktsiin väldib ka viiruse kandlust (asümptomaatilist infektsiooni), on vähe, kuid seda eelkõige seetõttu, et praegu saame põhineda kolmanda faasi kliiniliste uuringute tulemustel, mille põhiküsimuseks on vaktsiini efektiivsus ehk haiguse ennetamine ja mitte kandluse vähendamine.
Siiski on asümptomaatilist infektsiooni uuritud Moderna vaktsiiniga. Moderna vaktsiini uuringus määrati SARS-CoV-2 RNA ninakaapest enne teist vaktsiinidoosi (28. päeval). mITT populatsioonis (isikud, kes olid saanud vähemalt ühe vaktsiinidoosi) leiti PCR positiivsust 0,1% vaktsiinigrupis (N = 15) olnud inimestel ning 0,3% inimestel platseebogrupis (N = 39). Seega saab järeldada, et vaktsiin vähendab ka asümptomaatilist infektsiooni isegi juba pärast ühte doosi vaktsiini. Samas on oluline märkida, et arvesse võeti kõik PCR positiivsed juhud sõltumata nende tekkimise ajast. Infektsioonide ilmnemine esimese 12−14 päeva jooksul pole üllatav, sest antikehade teke võtab paar nädalat aega (sama kehtib ka sümptomaatilise infektsiooni kohta). Puuduvad andmed, kui palju vähendab vaktsineerimisskeemi lõpetamine (2 doosi) asümptomaatilisi nakatumisi, kuid võib oletada, et see on suurem kui ühe doosi järel. Kuni pole aga täiesti kindel, et COVID-19 vaktsiinid kaitsevad ka ülekandumise eest, on vajalik, et lähikontaktsed jälgiksid oma tervist tähelepanelikult, järgiksid Vabariigi Valitsuse ja Terviseameti kehtestatud meetmeid võimaliku nakkushaiguse leviku tõkestamiseks ja võtaksid kasutusele kõik muud võimalikud meetmed nakkushaiguse leviku tõkestamiseks. Samuti on oluline, et lähikontaktsed kannaksid siseruumides (nt avalikus siseruumis, tööl, ameti- või haridusasutuses, spordi- ja vaba aja veetmise kohas jne), kus puututakse kokku inimestega, kellega ei elata samas kohas, kaitsemaski või kataksid muul viisil nina ja suu, et tõkestada potentsiaalset viiruse levikut (v.a korralduses märgitud erijuhtudel). Sama põhimõte kehtib ka läbipõdenute kohta.