Roheliste viljade ärakorjamise järel on aeg kasvuhoone talvekorda seada, selleks tuleb kõik taimed välja viia ning mullapinnalt peab ära noppima väiksemadki taimeosad ja umbrohud, et nendel ei saaks haigustekitajad talvituda.
Soovitusi sügisel kasvuhoones toimetamiseks
Üldiselt on aga haiguste levikuga kasvuhoones nii, et kui suvel ja sügisel piisavalt (ööpäev ringi) öökülmadeni tuulutada ja pärast öökülmasid ilusate ilmade jätkudes ikka tuulutust jätkata, ei ole vaja tomatikasvuhoones erilisi desinfitseerimisvõtteid rakendada. Haigused saavad massiliselt levida ainult vastuvõtlikel sortidel ja siis, kui tomatitaimed on kasvuhoone niiske õhu tõttu niisked või märjad.
Soovi korral võib kasvuhoone sisepinnad üle pesta kaaliumpermanganaadi (KMnO4) õrnlilla lahusega (desinfitseeriv toime). Võib pesta ka lihtsalt veega, kui klaasid või mõni muu kasvuhoone ehitamiseks kasutatud materjal on aastate jooksul määrdunud. Väävlisuitsuga desinfitseerida tavaliselt tarvis pole, see oleks äärmuslik võte mõnes väga halvas seisukorras kasvuhoones.