Mis hetke lugeda Skunk Worksi algusajaks, on siiani vaieldav. Mõned viivad selle juba aastasse 1938, mil Kelly Johnsoni eesvedamisel loodi Lockheedi autonoomne osakond arendamaks projekti XP-38. Sellest kasvas välja maailma esimene 400 mph (640 km/h) kiiruse ületanud hävitaja P-38 Lightning. Teised, kaasa arvatud ettevõtte kaks tuntumat tippjuhti Kelly Johnson ja Ben Rich, loevad Skunki alguseks aastat 1943, mil USA-l oli tarvis vastukaaluks sakslaste reaktiivlennukitele arendada oma. Valik langes «Locky» peale ja Californias Burbanksi linnas avati tehas projekti XP-80 jaoks. Vaid 143 päevaga ehitati seal valmis USA esimene reaktiivhävitaja P-80 Shooting Star.
Lockheed Advanced Development Projectsi, hiljem Advanced Development Programsi (ADP) nime saanud konstrueerimisbüroo läheduses asus jäledalt haisev plastitehas, ja nii hakati omavahel kasutama nime Skonk Works. See pärines Al Cappi toona ülimalt populaarsest koomiksist Li’l Abner, kus Skonk Worksi nimelises tehases keedeti skungilaipadest ja vanadest kottadest eriti ilgelt lehkavat mikstuuri Big Barnsmell ehk vabas tõlkes suur laudahais.
Kuna tuumaprojekti kõrval oli tegu ühe suurema riikliku saladusega, ei tohtinud ka telefonis firma nime mainida.