Nõukogude võimu religioonivastast tegevust uurinud Atko Remmeli hinnangul oli ENSV ajal kõige riigitruum vene õigeusu kirik.
Uurimus: kõige riigitruum oli ENSVs õigeusukirik
Pärast Nõukogude Liidu juhi Nikita Hruštšovi võimult kukutamist 1964. aasta oktoobris läks revideerimisele senine kirikupoliitika, sest tuli leppida reaalsusega: hoolimata religioossetele organisatsioonidele antud rängast hoobist ei olnud õnnestunud religioossust ühiskonnast välja juurida, kirjutab Atko Remmel oma Tartu Ülikoolis kaitstud doktoritöö «Religiooniaastane võitlus ENSV-s aastatel 1957 kuni 1990» kokkuvõttes.
Riigi paindumatu suhtumine ja repressioonid olid põhjustanud mitmete religioossete liikumiste põranda alla mineku, mis tegi keerukaks nende tegevuse kontrollimise. Samas oli Remmeli väitel aga suurema osa vaimulike vastupanu juba murtud ja lojaalsuse küsimused ei olnud enam riigi jaoks teravalt päevakorras, seetõttu olid kirikud valmis kompromissideks isegi väga piiratud tegevusraadiuses. «Kõige riigitruuma kirikuna tuleb ilmselt käsitleda vene õigeusu kirikut, sellele järgnesid Eesti Evangeelne Luterlik Kirik ja riigi kontrolli all tegutsevad baptistid,» kirjutab Remmel. Ta lisab, et samas jäi aga igasse konfessiooni üksikuid vaimulikke, kes oponeerisid riigile.
Hruštšovi valitsemisajal, 1960. aasta alguses kutsus partei keskkomitee üles religiooni diskrimineeriva seadusandluse rangemale järgimisele. Lisaks propaganda vahendusel peetavale sõjale lähevad köiku ka salajased ettekirjutused kirikliku elu väljasuretamiseks. Nii ahendas 1961. aastal avaldatud Nõukogude Liidu Ministrite Nõukogu määrus «Kontrolli tugevdamisest religioossete organisatsioonide üle» oluliselt religioossete organisatsioonide tegutsemise piire.
Usuelu hakkas tugevamalt kammitsema hulk teisigi seadusemuudatusi, mis olid seotud nt kriminaalkoodeksi ning kirikuteenistujaid ja kogudusi represseerivate finantsiliste nõudmistega, mille eesmärgiks oli hoida kirikud vegetatiivses seisundis. Kõige olulisemateks meetoditeks olid selle juures nn Rahufondi maksed ning 1963. aasta lõpus suurenenud kogudusehoonete kindlustusmaksed. Selle kõrval karmistati koguduste finantskontrolli. Oluline roll riigi repressiivpoliitika koordineerimises langes usuasjade volinikele, kusjuures suurema surve osaliseks sai nii üleliiduliselt kui ka Eestis Vene Õigeusu Kirik. Volinike aktiivse religioonivastase tegevuse tulemusena tõusis hüppeliselt likvideeritud koguduste arv.