Reservi muutmisega suurendati sisuliselt ehitustööde eest makstavat tasu. Samuti pikendati töövõtulepingu lisaga tööde tegemise tähtaega.
Riigikontrolli hinnangul on nimetatud nõude loovutamise finantseerimise leping oma sisult krediidileping, sest diskonteerimismäärale vastav finantseerimiskulu jääb Eesti Kontserdi kanda. Sellega on võetud riigile kuni 20 miljoni krooni ulatuses täiendavaid kohustusi tasumiseks kaheksa aasta jooksul.
Riigikontroll leiab, et sisuliselt on tegemist laenu võtmisega, mis riigieelarve seaduse kohaselt on keelatud. Juhul, kui Eesti Kontserdil oleks olnud laen ette nähtud riigieelarves, oleks tulnud ehitustööde rahastaja leidmiseks korraldada riigihangete seadusega ettenähtud hankemenetlus.
Kiriku renoveerimise kogumaksumuseks kujuneb I ja II etapi maksumuse põhjal hinnanguliselt kuni 118 miljonit krooni esialgu kokkulepitud 99,3 miljoni krooni asemel. Seega võib Eesti Kontserdi sõlmitud lepingute järgi kiriku renoveerimise ehitusmaksumus kallineda kuni 18,7 miljoni krooni võrra.
Rahandusministeerium on riigikontrollile öelnud, et Eesti Kontserdi sõlmitud nõude loovutamise finantseerimise lepingus kokkulepitud intress 9,5 protsenti on riigile ebasoodus ning ministeeriumi hinnangul säästnuks riik finantskulusid, kui töövõtulepingut oleks finantseeritud 2009. aastal riigi võetud eelarvelaenu arvelt, mille intressiks oli 4,2 protsenti.
Eesti Kontsert on sõlminud Facio Ehitusega mitu lisakokkulepet, millega on ehitusettevõtjale andnud üle rahalised kohustused - näiteks ehitus- ja autorijärelevalve teostamise Venemaal ja kohapealse projektijuhi teenus.
Nende kokkulepete alusel esitas Eesti Kontsert Facio Ehitusele arveid kokku summas 1 508 786 krooni, mida kajastati ehitusettevõtja teostatud tööde aktides kui ettenägemata ehitustööde reservi arvel tehtud töid. Riigikontrolli hinnangul võttis Eesti Kontsert ehitusettevõtjalt kirjeldatud skeemi kasutades varjatult laenu 1 508 786 krooni, mille eest maksti 137 162 krooni intressi töövõtja kaudkulude nime all. Laenu võtmine ei ole riigieelarve seaduse kohaselt lubatud.
Valitsus andis 5. jaanuaril 2007 Eesti Kontserdile loa sõlmida koostööleping Eesti Evangeelse Luterliku Kogudusega Peterburis Jaani kiriku hoone renoveerimiseks ja haldamiseks 99 aastaks tingimusel, et on tagatud Eesti Kontserdile hoone kasutusõigus ja renoveeritava vara kuulumine kogudusele lepingu kehtivuse ajal.
Siiani ei ole seda tingimust riigikontrolli hinnangul täidetud ning hoone ja hoonealune maa kuulub endiselt Peterburi linnale. Peterburi Jaani kogudusel on Peterburi Linnavarade Komiteega sõlmitud tähtajatu leping hoone tasuta kasutamiseks ja tähtajatu maarendi leping, mis aga ei taga näiteks seda, et Eestil oleks õigus tehtud kulutuste hüvitamisele koguduse või Peterburi linna poolt, kui Eesti Vabariigil ei ole võimalik hoonet järgmised 99 aastat kasutada.