«Riigikontroll viitab oma auditis jäätmearuandluse puudustele ning soovitab ohtlike jäätmetega seotud infosüsteeme arendada selliselt, et neis olevaid andmeid saaks omavahel automaatselt võrrelda. Keskkonnaministeeriumi valitsemisalas on juba käimas uue infosüsteemi arendamise projekt, millega luuakse terviklik keskkonnalubade ja aruannete infosüsteem, mis võimaldab lubade menetlemist, väljaandmist, haldamist, avalikustamist ja järelevalve teostamist ning aruannete esitamist, haldamist, avalikustamist ja järelevalve tegemist,» kommenteeris ministeerium auditit.
Keskkonnaministeerium nõustub riigikontrolliga, et radioaktiivsete jäätmete lõppladustamise küsimus vajab otsust ja selleks on ka tööd alustatud. Nimelt sai Eesti ainsat radioaktiivsete jäätmete käitluskohta haldav AS A.L.A.R.A sellel aastal kahe miljonit eurot struktuurifondide toetust eeluuringuks, mis annab riigile lisainformatsiooni, millist jäätmete käitlemise varianti tulevikus eelistada ja milline peaks olema potentsiaalne lõppladustuspaik. Riigikontrolli soovitust kaaluda radioaktiivsete jäätmete eksporti mõnda naaberriiki, ei ole võimalik arvestada, sest seda ei toeta rahvusvaheline tava ja praktika.
Keskkonnaministeerium soovib täpsustada, et riigikontrolli aruande punktid, milles väidetakse, et keskkonnaministeerium on endale võtnud saastunud alade puhastamise ja korrastamise kohustuse, on ekslikud. Keskkonnaministeeriumil on kindlasti roll alade puhastustööde korraldamisel, kuid jääkreostuse likvideerimisega tuleb tegeleda üheskoos maaomanike ja kohalike omavalitsustega. Riigi ülesanne on näiteks luua maaomanikele, kohalikele omavalitsustele või muudele huvitatud osapooltele tingimused puhastustööde rahastamiseks.
Seda on keskkonnaministeerium ka teinud, luues veemajanduse programmi jääkreostuse likvideerimise alamprogrammi, mida on rahastatud keskkonnatasudest üle 10 aasta.