Saksa okupatsiooni ajal (19411944) tuli suurim osa Eesti inimkaotustest erinevatelt sõjaväljadelt, kus langes umbes 10 000 eestlasest sõjameest. Samal ajal hukati Eestis umbes 7800 tsiviilisikut. Läände põgenemisel hukkus, eeskätt 1944. a, hinnanguliselt 7000 inimest ning 1945. a surmasid punaarmee ja tehhi partisanid Saksamaal ja Tehhis 1000 eesti sõjaväelast.
Veel hukkus 1040 inimest Saksa ajal vangilaagrites (sinna viidi 4000 inimest). Eestist saadeti Saksamaale tööteenistusse 800 inimest ja neist hukkus seal umbes kakssada.
Lisaks hukkus tsiviilisikuid Nõukogude õhurünnakutest ja inimkaotusi tuli kanda rinnete edasiliikumise ajal. Õhurünnakute tõttu sai surma 800 elanikku. Kui paljud hukkusid seoses rinde liikumisega, on väga raske öelda.
Näiteks 14. veebruaril 1944 tegi punalaevastik dessandi Merekülas, et Narva kaitsjad sisse piirata. 15. veebruaril dessant hävitati.
Okupatsiooniaegse ajakirjanduse andmetel olid dessantlased Merekülas tapnud 47 tsiviilisikut, sh naisi ja lapsi. Teiste seas tapsid nad ka Meeta Süvalepa, kes 1941. aastal toetas aktiivselt nõukogude võimu ja viibis seetõttu Saksa okupatsiooni ajal aasta vangistuses.
Esimesed õhurünnakute inimohvrid Eestis olid juba 1942. aasta jaanuaris, mil punalendurid neli korda pommitasid Narvat.
Enim ohvreid tõi just 25. jaanuari õhurünnak. 1942. aasta märtsis pommitati Narvat kolmel korral, 5. märtsi rünnakuga kaasnes kaheksa inimohvrit.
Narvat pommitati 1942. ja 1943. aastal veel korduvalt, inimohvreid oli siis vähem. 27. jaanuaril 1943 rünnati õhust Tartut ja ülikoolilinnas sai surma 18 tsiviilisikut. Teiste seas hukkus Tartus botaanik ja taimegeograaf akadeemik Teodor Lippmaa, keda võib pidada vahest Nõukogude õhurünnakute tuntuimaks ohvriks.
9. veebruaril 1943 teatas Saksa-aegne Rahvakasvatuse Peavalitsus ajalehtede toimetustele, et Saksa sõjaväevõimud lubavad nüüdsest lehtedes kirjutada kohalikest õhurünnakutest. Seejuures ei tohtinud mainida inimohvrite arvu ega kirjeldada lähemalt kahjusid ja enne avaldamist pidi artikli tsenseerima kindralkomissariaadi pressireferent.
1943. aasta 14. veebruari õhurünnakus Tallinnale sai surma paarkümmend inimest. Veel 12 tallinlast hukkus õhurünnakutes 1943. aasta märtsi lõpus ja kuus narvakat juunis.
26. veebruaril 1944 tulistas Nõukogude hävituslennuk Tartumaal Luunja koolimaja õues kelgutanud-mänginud lapsi ja neist neli sai surma.
Kuna rinne oli juba Narva jõel, tehti propaganda kaalutlustel laste matusepäevast Tartus suurem leinapäev. Henrik Visnapuu kirjutas traagilise sündmuse mälestuseks luuletuse «Uus Heroodes», mis samuti avaldati ajakirjanduses.
Suurimad inimkaotused Nõukogude õhurünnakutest tulid 1944. aasta märtsis: Tallinna suurpommitamine ja Tartu pommitamine 25.-26. märtsi õhtul ja öösel, mil Taaralinnas hukkus sadakond inimest.
Tallinna pommitamisel 9. märtsil 1944 hukkus 586 kohalikku elanikku (223 meest, 324 naist, 39 last), lisaks veel 50 Saksa sõjaväelast ning 121 sõjavangi. Üle saja linlase sai raskesti vigastada.
Siiski tuli suurpommitamise inimohvreid veel 17. märtsi järel, mil Tallinna Eesti politseiülem saatis ülaltoodud andmed salajases raportis Tallinna Kaitsepolitsei (Schutzpolizei) ülemale. Nii näiteks suri 24. juulil 34 aasta vanuses kopsutiisikusse Priit Veebel.
Ta oli pommitamise ööl otse dirigendipuldist tänavale tormanud ja seal tugevasti külmetanud. Veebelit tunti eelkõige kui populaarsete laulude «Kalevite kants» ja «Eesti leegionäride laul» autorit.