2009. aasta detsembris pöördus kaitseministeeriumi poole riigikontroll. Küsimused puudutasid Thomase meetodi kasutamist. Täpsemalt päriti, kuidas on arvestatud professor Jüri Alliku eestvedamisel tehtud pöördumist ajateenijate hindamiseks kasutatava meetodi sobimatuse kohta, millistel kaalutlustel jäeti sobiva meetodi valimisel tegemata riigihange ning millistest kriteeriumidest lähtuvalt on valitud ajateenijate hindamise aluseks olev Thomase meetod.
Tollane kaitseminister Jaak Aaviksoo vastas riigikontrollile 2010. aasta jaanuaris. Muu hulgas mainis ta, et meetodi valimiseks moodustati 2005. aastal töörühm. Viimase koosseisu olid määratud ministeeriumi, kaitseväe ja KRA esindajad. Ministri teatel pidid olema täidetud järgmised kriteeriumid: test pidi olema tõestanud oma väärtust Eesti kultuuriruumis, läbiviimine pidi olema lihtne ja kiire, meetod pidi olema võimaldama hinnata ajateenija sobivust valiidsel ja kiirel viisil. Lisaks pidi olema test adapteeritud nii eesti kui vene keelde.
Aaviksoo vastas riigikontrollile, et tol hetkel kehtinud riigihangete seadusest tulenevalt polnud KRA-l tarvis rakendada riigihangete seadusest tulenevat korda. Hankeleping sõlmiti 2006. aasta märtsis.
Millistest kriteeriumidest lähtuvalt Thomase meetod valiti? Kuidas on arvestatud professor Alliku eestvedamisel teostatud Tartu Ülikooli ja Kaitseväe Ühendatud Õppeastuste uuringut? Eeltoodud küsimustele kaitseminister Aaviksoo tollal põhjendusi välja ei toonud. Tema sõnul moodustati analüüsiks töörühm.
«TÜ psühholoogide arvamus oli mulle toona teada, nad pakkusid asemele ka paremaid teste. Aga ma ei pidanud otstarbekaks, ega pea ka täna otstarbekaks, et ministri tasemel peaks sekkuma konkreetsete toodete hangetesse,» ütles Aaviksoo täna valitsuse pressikonverentsil ja lisas, et see peaks kuuluma hankija pädevusse.